Biota
Dalam ekologi, biota adalah keseluruhan kehidupan yang ada pada satu wilayah geografi tertentu dalam suatu waktu tertentu. Pembatasan luas wilayah geografi atau cakupan waktu dapat bersifat lokal atau sesaat hingga keseluruhan planet atau rentang waktu yang panjang. Sebagai contoh penyebutan misalnya "biota laut di lepas pantai Teluk Jakarta setelah pembuatan rumpon buatan". Biota planet bumi tinggal di dalam biosfer.
Laut merupakan sebuah ekosistem besar yang menjadi tempat hidup bagi berbagai macam biota laut, dari yang berukuran kecil hingga yang berukuran besar, yang hidup di pesisir hingga hidup di laut dalam. Biota laut adalah berbagai jenis organisme hidup di perairan laut yang menurut fungsinya digolongkan menjadi tiga, yaitu produsen merupakan biota laut yang mampu mensintesa zat organik baru dari zat anorganik, kedua adalah konsumen merupakan biota laut yang memanfaatkan zat organik dari luar tubuhnya secara langsung. Dan yang ketiga adalah redusen merupakan biota laut yang tidak mampu menelan zat organik dalam bentuk butiran, tidak mampu berfotosintesis namun mampu memecah molekul organik menjadi lebih sederhana.

Penggolongan biota laut menurut sifat hidupnya dibedakan menjadi plankton merupakan semua biota yang hidup melayang di dalam air yang pergerakkannya ditentukan oleh lingkungannya. Kemudian nekton adalah semua biota yang dapat berenang bebas dan mengatur sendiri arah perherakkannya dan bentos merupakan semua biota yang hidup didasar perairan baik membenamkan diri, menempel maupun merayap.

Perubahan kondisi laut yang terjadi dimasa lalu hingga saat ini ditambah dengan interaksi biota laut dalam pemangsaan merupakan faktor yang berpengaruh terhadap daya adaptasi pada biota laut. Kemampuan adaptasi biota laut yang berlanjut dalam jangka waktu lama yang akhirnya menjadi sebuah evolusi menjadikan keanekaragaman biota laut menjadi tinggi. Selain itu, laut dengan berbagai kondisi fisik, kimia dan topografi menjadikan biota laut yang hidup didalamnya semakin beragam.Keragaman biota laut yang terdapat di wilayah perairan laut Indonesia begitu tinggi. Mulai dari ikan, moluska, krustasea, alga sampai dengan karang kesemuanya ditemukan di perairan laut Indonesia dengan jenis yang sangat beragam. Salah satu bukti tingginya keanekaragaman biota laut di Indonesia adalah dengan terbentuknya Coral Triangle Initiative (CTI) dan Indonesia termasuk didalamnya bersama beberapa negara lain seperti Filipina, Australia, Timor Leste, dan Papua New Guinea. Lebih dari 500 jenis karang hidup di perairan Indonesia, khususnya di perairan laut wilayah timur Indonesia. Kondisi demikian memungkinkan biota laut lain yang hidup berasosiasi dengan terumbu karang maupun yang hidup dan mencari makan pada ekosistem terumbu karang semakin beragam dan belum banyak diketahui. Hal ini mendorong para peneliti dari dalam negeri maupun luar Indonesia berlomba untuk menggali, mengetahui dan menemukan jenis-jenis biota laut baru. Sehingga kita sebagai peneliti di bidang kelautan dituntut tidak hanya mengetahui namun diharapkan mampu mengenali dengan baik biota yang akan di teliti.

Pengetahuan tentang cara mengenali biota laut kurang diminati, karena untuk mengetahui jenis atau nama spesies biota laut secara detil tidaklah mudah dan memerlukan waktu yang cukup panjang. Namun, hal ini sangat penting untuk dipelajari mengingat Indonesia adalah negara dengan megabiodiversity.

Terumbu karang
Terumbu Karang merupakan salah satu komponen utama sumber daya pesisir dan laut utama, disamping hutan mangrove dan padang lamun. Terumbu karang merupakan kumpulan fauna laut yang berkumpul menjadi satu membentuk terumbu. Struktur tubuh karang banyak terdiri atas kalsium dan karbon. Hewan ini hidup dengan memakan berbagai mikro organisme yang hidup melayang di kolom perairan laut.
Terumbu karang dan segala kehidupan yang ada didalamnya merupakan salah satu kekayaan alam yang dimiliki bangsa Indonesia yang tak ternilai harganya. Diperkirakan luas terumbu karang yang terdapat di perairan Indonesia adalah lebih dari 60.000 km2, yang tersebar luas dari perairan Kawasan Barat Indonesia sampai Kawasan Timur Indonesia (Walters, 1994 dalam Suharsono, 1998).
Indonesia merupakan tempat bagi sekitar 1/8 dari terumbu karang Dunia (Cesar 1997) dan merupakan negara yang kaya akan keanekaragaman biota perairan dibanding dengan negara-negara Asia Tenggara lainnya.
Terumbu karang mengandung berbagai manfaat yang sangat besar dan beragam, baik secara ekologi maupun ekonomi. Menurut Cesar (1997) estimasi jenis manfaat yang terkandung dalam terumbu karang dapat diidentifikasi menjadi dua yaitu manfaat langsung dan manfaat tidak langsung.
Manfaat dari terumbu karang yang langsung dapat dimanfaatkan oleh manusia adalah pemanfaatan sumber daya ikan, batu karang, pariwisata, penelitian dan pemanfaatan biota perairan lainnya yang terkandung di dalamnya. Sedangkan yang termasuk dalam pemanfaatan tidak langsung adalah seperti fungsi terumbu karang sebagai penahan abrasi pantai, keanekaragaman hayati dan lain sebagainya.
Ekologi Ekologi Indo-Pasifik Indo-Pasifik Jenis-jenis terumbu karang Jenis-jenis terumbu karang Zonasi terumbu karangZonasi terumbu karang
Jenis-jenis terumbu karang

1. Terumbu karang tepi (fringing reefs)
Terumbu karang tepi atau karang penerus berkembang di mayoritas pesisir pantai dari pulau-pulau besar. Perkembangannya bisa mencapai kedalaman 40 meter dengan pertumbuhan ke atas dan ke arah luar menuju laut lepas. Dalam proses perkembangannya, terumbu ini berbentuk melingkar yang ditandai dengan adanya bentukan ban atau bagian endapan karang mati yang mengelilingi pulau. Pada pantai yang curam, pertumbuhan terumbu jelas mengarah secara vertikal. Contoh: Bunaken (Sulawesi), Pulau Panaitan (Banten), Nusa Dua (Bali).

2. Terumbu karang penghalang (barrier reefs)
Terumbu karang ini terletak pada jarak yang relatif jauh dari pulau, sekitar 0.5­2 km ke arah laut lepas dengan dibatasi oleh perairan berkedalaman hingga 75 meter. Terkadang membentuk lagoon (kolom air) atau celah perairan yang lebarnya mencapai puluhan kilometer. Umumnya karang penghalang tumbuh di sekitar pulau sangat besar atau benua dan membentuk gugusan pulau karang yang terputus-putus. Contoh: Batuan Tengah (Bintan, Kepulauan Riau), Spermonde (Sulawesi Selatan), Kepulauan Banggai (Sulawesi Tengah).

3. Terumbu karang cincin (atolls)
Terumbu karang yang berbentuk cincin yang mengelilingi batas dari pulau­pulau vulkanik yang tenggelam sehingga tidak terdapat perbatasan dengan daratan. Menurut Darwin, terumbu karang cincin merupakan proses lanjutan dari terumbu karang penghalang, dengan kedalaman rata-rata 45 meter. Contoh: Taka Bone Rate (Sulawesi), Maratua (Kalimantan Selatan), Pulau Dana (NTT), Mapia (Papua)

4. Terumbu karang datar/Gosong terumbu (patch reefs)
Gosong terumbu (patch reefs), terkadang disebut juga sebagai pulau datar (flat island). Terumbu ini tumbuh dari bawah ke atas sampai ke permukaan dan, dalam kurun waktu geologis, membantu pembentukan pulau datar. Umumnya pulau ini akan berkembang secara horizontal atau vertikal dengan kedalaman relatif dangkal. Contoh: Kepulauan Seribu (DKI Jakarta), Kepulauan Ujung Batu (Aceh)